Sei Pain attaccano Konoha, trasformando il villaggio in un campo di battaglia! In assenza di Naruto, tutti i ninja di Konoha combattono insieme contro gli attaccanti, ma le capacità sconosciute dei nemici causano un numero sempre maggiore di vittime... Alla fine, anche Kakashi, che ha esaurito completamente il suo chakra durante la lotta contro l'incarnazione Tendo di Pain, soccombe?

Naruto torna a Konohagakure dopo più di due anni di duro allenamento con il San-Nin Jiraya. Non solo lui stesso è cambiato, ma tutti i suoi vecchi amici sono diventati Chu-Nin. Ma i nuovi problemi non tardano ad arrivare...