Il Mugen 6 si distingue per un dissipatore di calore completamente riprogettato. Inoltre, viene fornito con una ventola Scythe Wonder Tornado da 120 mm. Il dissipatore offre un numero di alette aumentato del 45%, mantenendo al contempo un'altezza di soli 154 mm. Grazie a questa configurazione con una maggiore densità di alette, si ottiene una migliore dissipazione del calore. La struttura asimmetrica garantisce un'elevata compatibilità con la maggior parte dei case e delle schede madri. La ventola presenta un design a 9 pale a vortice e un affidabile cuscinetto a fluido dinamico sigillato. Il sistema di montaggio H.P.M.S. V, facile da installare, offre una pressione di contatto ottimale e la compatibilità con i più recenti socket per CPU, inclusi gli Intel LGA 1700 e gli AMD AM5.